Удалить сейв можно на главном экране сочетанием клавишь. Вроде бы вверх+В+старт. Точно не уверен, лучше посмотреть в мануале, там наверняка есть.
До прохождения игры лучше покемонов не бридить - толку мало. Но вообще для этого надо их оставить двух покемонов разных полов и одной эгг группы на дей кер.