Он, вроде, давно уже карты банков не принимает совсем. Оплата только с балланса. Если NNID привязан к учётной записи Нинтендо, то можно покупать через сайт или пополнять балланс через сайт.
А если вопрос про недавнюю ситуацию, то сегодня не получилось купить игру на 3DS через сайт оплатив с карты. Получилось через PayPal. Наверное, для Wii U так же.