Что-то не особо похоже на защиту, раз она не проявляется без модификации
Как раз очень похоже именно на защиту. Следующая степень защиты - что-то кастомное в картридж встраивать. Тогда уж лучше что-нибудь такое встроить, без чего особенного смысла нет играть - см. GBAшные Wario Ware Twisted, Boktai