События игры разворачиваются в трёхкомнатной квартире. Главный герой игры — мужчина по имени Аарон, который возвращается домой и готовит вместе с женой ужин. Через пять минут игры в квартиру заходит третий персонаж — полицейский, который обвиняет жену Аарона в убийстве и ударяет главного героя, после чего игра начинается сначала.

Концепция Twelve Minutes заключается в том, что герой находится во временной петле, и игровой уровень перезапускается каждые 12 минут. Перед игроком не ставится конкретной задачи, но через взаимодействие с окружающими предметами и персонажами, чтобы найти способ выйти из временной петли